Habe auch so ein (ähnliches) System, durch die Redstone An-/Abschaltungen fressen sich Sortieranlagen gerne mal.
Oft hilft es einfach die Trichter mit dem Filter zu leeren und neu zu bestücken, manchmal muss man auch die Trichter darüber abbauen und neu setzen da die nicht mehr nach unten ableiten.
Kann aber auch schlicht dann passieren, wenn Redstone deaktiviert wird und du noch Items in der Trichterstraße hast, dann werden die auch bis ans Ende durchgeleitet.
Workaround dazu wäre keine Trichterstraße, sondern einen Kreislauf zu bauen. Kannst dich auch gerne heute Abend bei mir melden auf CB11 ab 19 Uhr, dann kann ich dir meine Anlage mal zeigen (oder du kommst ab 20:15 in meinen YT-Stream "BigDaemon" und meldest dich da bei mir
)
Übrigens wäre die Frage vermutlich hier besser aufgehoben gewesen: Spielmodus: Citybuild