Griefergames hat leider viele kleine Redstone Bugs. Angefangen dadurch, das es immer wieder deaktiviert ist und dadurch Schaltungen in einem falschen state sind. Hier helfen Blockupdates um die Schaltung zu fixen.
Andererseits hab ich das Gefühl das durch die vielen Plugins Wechselwirkungen auftreten und es sich manchmal ganz und gar zufällig verhält. Das dürfte auch dein Problem sein.bei mir hilft dann nur die Schaltung etwas umzubauen. Einmal hat es auf einem geraden Stück Redstone gesponnen. Mit 2 negationen über dem Stück wo es Probleme gab ging es dann. Nervig ist es dennoch